Οι κίνδυνοι που προέρχονται ή θα προέλθουν από τους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς είναι:
1. ΑΛΛΕΡΓΙΕΣ: Οι αλλεργίες σε αυτή την περίπτωση είναι πιο έντονες και επικίνδυνες. Η σόγια που είχε χρησιμοποιηθεί το 1996 από βραζιλιάνικα καρύδια αποσύρθηκε.
2.ΑΝΘΕΚΤΙΚΟΤΗΤΑ ΣΤΑ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΑ: Τα αντιβιοτικά χορηγούνται σήμερα και στα ζώα σε πολύ μεγάλο βαθμό για καλύτερη παραγωγή. Έτσι δημιουργούνται ανθεκτικότεροι μικροοργανισμοί, που προκαλούν αρρώστιες, και με δύσκολο τρόπο μπορούν να καταπολεμηθούν.
3.ΤΟΞΙΚΟΤΗΤΑ: Οι μεταλλαγμένες τροφές περιέχουν πολλές τοξίνες οι οποίες δημιουργούν σοβαρές δηλητηριάσεις.
4.ΥΠΕΡΖΙΖΑΝΙΑ ΚΑΙ ΥΠΕΡΕΝΤΟΜΑ: Διαταραχή του κύκλου της φύσης αφού δεν γνωρίζουμε τις επιπτώσεις (= π.χ. τα φυτά ποτίζονται με φυτοφάρμακα και στη συνέχεια το ζώο που τρέφεται από αυτά, αυτόματα δέχεται στον οργανισμό του φυτοφάρμακα).